Theo WHO, khoảng một nửa lượng kháng sinh sản xuất ra hiện nay đều được sử dụng trong nông nghiệp, bao gồm cả ngành sản xuất thức ăn chăn nuôi. Thuốc kháng sinh được dùng để điều trị động vật mắc bệnh nhiễm trùng, phòng ngừa bệnh tật hoặc ngăn chặn bệnh lây lan trong đàn. Ở một số nơi, họ sử dụng kháng sinh để làm tăng trọng lượng vật nuôi, kháng sinh đối với trường hợp này thường được sử dụng với liều lượng thấp trong thức ăn hoặc nước uống của vật nuôi nhằm đạt được năng suất cao.

Việc sử dụng kháng sinh đối với những động vật dùng làm nguồn thực phẩm có khả năng để lại dư lượng trong sản phẩm như thịt và sữa. Trong khi dư lượng ở mức thấp của một số loại kháng sinh được coi là an toàn, dư lượng của các kháng sinh khác (ví dụ như chloramphenicol) có thể ảnh hưởng nghiêm trọng đối với sức khỏe cộng đồng và do đó bị cấm sử dụng cho động vật làm thực phẩm. Vậy có bao nhiêu loại kháng sinh tồn tại trong thực phẩm của chúng ta? Sẽ không có, miễn là thuốc được sử dụng đúng cách cho vật nuôi và thời gian chờ đợi theo luật định được tuân thủ trước khi động vật bị giết mổ. Thuốc kháng sinh chỉ hình thành dư lượng khi sử dụng không đúng cách hoặc với liều lượng quá cao. Thực phẩm có khả năng bị nhiễm dư lượng kháng sinh cao bao gồm cá và hải sản, thịt, nội tạng, sữa, trứng và mật ong.

Vấn đề chính của thuốc kháng sinh không phải là sự hiện diện quá nhiều của dư lượng trong thực phẩm, mà là gia tăng tình trạng kháng kháng sinh ở vi khuẩn. Mỗi lần sử dụng kháng sinh đều có nguy cơ vi khuẩn phát triển mạnh khả năng kháng thuốc, sau đó dẫn đến tình trạng không thể kiểm soát được, đặc biệt là khi xuất hiện đa kháng. Điều này dẫn đến bệnh nhiễm khuẩn có thể không còn điều trị được và gây tử vong hàng loạt trong tương lai. Do đó, việc sử dụng kháng sinh có trách nhiệm là rất quan trọng - trong thú y cũng như trong y học con người.