Phân tích Mục tiêu được sử dụng khi đã biết các vật liệu tạp nhiễm hoặc khi thực phẩm có chứa các hợp chất đánh dấu cụ thể. Phạm vi công nghệ được sử dụng trong kiểm tra mục tiêu là khá rộng, từ phương pháp hóa học ướt truyền thống, phương pháp sắc ký và khối phổ cho đến sinh học phân tử như qPCR và Giải trình tự thế hệ mới (NGS). NGS là công nghệ mới để bảo vệ người tiêu dùng chống lại gian lận thực phẩm. Việc xác định các loài có trong thực phẩm và mẫu thức ăn chăn nuôi là một bước quan trọng trong sản xuất, chúng tôi cung cấp các giải pháp xác minh nguồn gốc, truy xuất nguồn gốc nguyên liệu, bằng chứng xác thực và kiểm soát chất lượng trong xử lý và chế biến thực phẩm. Điều này cho phép các phòng thí nghiệm thực phẩm xác định các loài thực vật, cá và thịt có trong các mẫu thực phẩm phức tạp nhất.

Phân tích không nhắm mục tiêu (NTA) ngày càng phổ biến nhờ sự phát triển của công nghệ đo lường và phân tích dữ liệu. Toàn bộ hồ sơ hoặc các đặc điểm cụ thể của mẫu thực phẩm hoặc thức ăn chăn nuôi được xác định dưới dạng dấu vân tay phân tử, kết quả sẽ được so sánh với dữ liệu tham chiếu từ cơ sở dữ liệu đã tạo trước đó. Nếu hình ảnh hồ sơ mới khớp với hồ sơ tham chiếu được lưu trữ trong cơ sở dữ liệu, thì mẫu đó là xác thực.

Những dấu vấn tay của các phân tử này được lấy bằng cách sử dụng nhiều công nghệ khác nhau, tùy thuộc loại thực phẩm và thuộc tính của chúng. Đối với các phân tử lớn, thiết bị MALDI-TOF có thể thu được thông tin trên cấu trúc phân tử có trong thực phẩm. Ngược lại, đối với các phân tử nhỏ hơn, các nhà nghiên cứu thường sử dụng nhiều phương pháp như phương pháp quang phổ cộng hưởng từ hạt nhân (NMR), phương pháp quang phổ (như IR, NIR, Raman), ứng dụng sắc ký lỏng với nhiều phương pháp phát hiện khác nhau bao gồm cả phối khổ có độ phân giải cao như MS/ MS và QTOF cũng đang được sử dụng phổ biến trong quá trình nghiên cứu. 

Phương pháp phân tử được sử dụng phổ biến nhất trong xác minh sự thay thế loài hay xác định loài là real-time PCR. Tuy nhiên, thử nghiệm PCR bị giới hạn bởi số lượng phân tử mục tiêu có thể được xác định và phân biệt đồng thời yêu cầu kiến thức về loài cần tìm. Điều này rất quan trọng, đặc biệt là khi thử nghiệm các loại thực phẩm đã qua các bước chế biến phức tạp, thường chứa nhiều loài sinh vật khác nhau.

Sự ra đời của công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới (NGS) trong ngành thực phẩm đã tạo nên công cuộc cách mạng lớn hỗ trợ đắc lực việc kiêm tra tính xác thực thực phẩm.  Phương pháp NGS – tiếp cận không mục tiêu cho phép phát hiện và phân biệt chính xác hàng nghìn loài sinh vật khác nhau tồn tại trong mỗi mẫu bằng việc sử dụng giải trình tự DNA, phương pháp này được công nhận là một phương pháp đáng tin cậy nhằm hỗ trợ quá trình xác định các loài sinh vật đạt độ chính xác cao. Sau khi phân tích bằng phương pháp NGS, thu được hàng triệu trình tự gen của cá thể sinh vật giúp các nhà nghiên cứu xác định được các thành phần loài chứa trong các loại thực phẩm phức tạp, dựa vào việc mỗi loài sẽ chứa chuỗi DNA riêng biệt đặc thù. Kết quả thu được từ quá trình nghiên cứu có thể được đem so sánh với cơ sở dữ liệu với tất cả thông tin của các loài sinh vật có trong mẫu được tạo ra từ ban đầu.